La primera Ordenanza data del 20 de Enero del año 1503, promulgadas los días 10 de enero y 14 de febrero por decretos reales y expedidas en Alcalá de Henares, dando comienzo a unos mecanismos de control que hasta el momento habían estado bajo el control de Juan Rodríguez de Fonseca, Arcediano de la Catedral de Sevilla y persona de confianza de la Reina Isabel. Hasta el momento había actuado con un matiz más militar que como promotor de empresas pero empezó a ser notoria la dificultad de que un solo hombre llevara el control, por lo que modificando un modelo anónimo de 1502 se procedió a la creación de un organismo autónomo. La modificación principal fue el rechazo a la idea de un capital estatal que sabían que no había. Por lo tanto el comercio con las Indias se dejó en manos particulares y la Casa de la Contratación sería su mecanismo de control. Sus funciones fueron básicamente las de aduana aunque esta tarea se fue complicando a medida que avanzó la colonización. A tenor de estas Ordenanzas, se le deja un lugar a esta Institución en el Alcázar Viejo (incluso estuvo en las Atarazanas), en el Cuerpo de los Almirantes. Nace como un híbrido de aduana aunque también con un sentido mercantil, como un Cuerpo al servicio de la Corona donde quedaban todas las cosas tocantes a la negociación de las Indias. Se debía almacenar, vender y controlar todas las cosas para la contratación de las Indias a través de esta Institución. Se instaba a los oficiales de la Casa de la Contratación de saber como se hallaba el mercado americano para vender las mercancías de allí a buen precio y tener previsto todo lo que se haya de remitir a América, debía tener un control minucioso de sus acciones, controlar los navíos del tráfico, debía elegir a los capitanes y escribanos y le debían dar instrucciones acerca de la navegación y manera de entregar los cargamentos. A la Casa de la Contratación se le designaba tres funcionarios: un factor que despachaba con los navíos, un tesorero que recibía el dinero y un contador o escribano que llevaba el registro de la Institución. Debían ser personas hábiles y de buena fama, debían actuar colegiadamente y debía intervenir en todos los pleitos poniendo multas, penas, etc.
Durante siete años la Institución funcionó con estas Ordenanzas de veinte artículos. En ese tiempo fueron frecuentes los roces con otras instituciones de Sevilla, especialmente el Cabildo y la Audiencia. En 1510 se promulgaron unas nuevas Ordenanzas en Monzón, más extensa, de treinta y cinco artículos. También se creó una delegación de la Casa de la Contratación en Cádiz. Las competencias de los tres funcionarios quedaron mejor delimitadas. Aunque contaba con decretos sueltos de esos años, apenas se habla de proyecto mercantil de la Corona y a partir de entonces la Corona no participó en el comercio con las Indias. Se habla mucho del registro y de los derechos y deberes de los oficiales. Se fija el horario de trabajo de los oficiales. Se establece que los asuntos de Hacienda y Justicia se traten en organismos colegiales. Se mencionan libros de asientos: uno para asentar todos los despachos por el gobierno dirigido a las Indias y otros dos para anotar la entrada y salida de bienes reales, otro para el registro de la flota y otro como manual de las compras de la Casa de la Contratación. Se reitera la necesidad de dar instrucciones a los capitanes sobre como han de navegar y se da la prohibición de que ningún navío viaje a las Indias sin ningún registro y sin ser examinados por la Casa de la Contratación. Se les encomienda para que no dejen pasar a América personas sin licencia y menos personas que estén prohibidas. Se le da la función de la administración de los difuntos en Indias. En Justicia se les advierte que no intervengan en caso de importancia sin que cuenten con un letrado, instándoles también a que se exponga en tabla pública las normas con respecto a Indias sin que nadie pueda ignorarlas.
En 1511 se promulgó una Instrucción que amplió las Ordenanzas y se promulgó una Provisión Real en la que se otorgaba a la Institución la jurisdicción civil y criminal en la navegación con América. De esta manera la Casa de la Contratación fijaba su funcionamiento para muchos años.
La Casa de la Contratación se puso como Oficina Hidrográfica y Escuela de Navegación. Incorporó el cargo de Piloto Mayor en 1508 con la misión de examinar a los pilotos de la Carrera de Indias y de confeccionar el mapa modelo del Nuevo Mundo.
No se emitieron nuevas Ordenanzas hasta 1531 con motivo de la creación del Consejo de Indias para poder delimitar las competencias. Contó con setenta y dos artículos en los que se reproducían los de 1510 con el añadido de lo legislado con posterioridad. Se precisa el horario de trabajo. Se obliga a vivir en la Casa de la Contratación a los oficiales. Debían actuar colegiadamente y llevar los libros. Se prohíbe estrictamente intervenir en el tráfico ni por si ni por otras personas, ni en público ni en secreto, ni directa ni indirectamente. Otro apartado era la regulación del tráfico: se regula la flota, se da instrucciones a los maestres, se visitan los navíos, etc. Se repite la norma referida a los difuntos y todo lo relacionado con la emigración y la Justicia. Hay pocas novedades a su función principal. Constaba de la instrucción a su Piloto Mayor. Debía haber un archivo de toda la documentación que tenía la Institución. Debía haber una capilla para rezar por las almas de los difuntos.
Por espacio de veinte años se mantienen las mismas Ordenanzas pero como se había dado una legislación para la flota y se había dado una jurisdicción judicial, se hacen nuevas Ordenanzas en 1552 con doscientos artículos, constituyendo la colección legislativa más compleja de la Casa de la Contratación en el siglo XVI. Los dos apartados mas nutridos son el referido a las funciones de los funcionarios (con ochenta artículos) y el referido a la regulación de la navegación (con setenta artículos).
En 1555 se volvieron a imprimir y fue la base para el libro IV de la Recopilación de las Leyes de Indias. La Casa de la Contratación se presentaba como una institución organizada, con funciones fijadas, con independencia. Era una institución que regulaba y fiscalizaba los navíos, controlaba la emigración, las rutas. Era una institución que velaba por las normas del comercio indiano. La Casa de la Contratación se había convertido en un brazo de la Hacienda Estatal y tenía la facultad de proponer al rey todo lo necesario para el progreso del comercio con las Indias. Esta consolidación de la Institución condujo a un amento de la plantilla: ahora contaba también con un letrado, un fiscal, dos visitadores de nao, varios cosmógrafos, auxiliares del tesorero y escribano, un alguacil, un carcelero y un portero. Su proceso constitutivo no se cierra hasta que se pone como primera autoridad a un presidente en 1579 y se le agrega una Audiencia en 1583. La Casa de la Contratación contaba, pues, con una Sala de Gobierno y otra Sala de Justicia.
Hasta las reformas borbónicas la Institución no experimenta ningún cambio pero no queda al margen del deterioro de las instituciones del siglo XVII. Tanto Carlos I como Felipe II habían adquirido algunos recursos de la Casa de la Contratación y con los reyes posteriores esta práctica se convirtió en algo habitual. Con excepción de la Justicia no había cargo público que no se salvara de la venta de cargos. Las transacciones se simulaban como donación de la Corona a cambio del servicio del comprador en dinero. En la Casa de la Contratación se llevó a cabo en los años treinta del siglo XVII en dos modalidades: La venta heredada y la venta expectativa o sucesiones futuras. La primera llevaba aparejada el poder transmitirlo por herencia, desempeñaba directamente el cargo o a través de un teniente, y además podía designar al personal subalterno. De esta manera la Casa de la Contratación perdía independencia. Por ese procedimiento se vende en 50.000 ducados el cargo de contador o en 7.500 visitadores de nao y en esos extremos oscilan otros cargos. Afectó sobre todo al cargo de factor y tesorero. La segunda modalidad se produce porque como cuando se compraban esos cargos no estaban vacantes, lo más frecuente era que llevara aparejada el nombramiento de Juez Oficial supernumerario. Esas ventas se hacen a 12.000 ó 13.000 pesos, después se hicieron incluso a 20.000 pesos y luego incluso se hicieron ventas múltiples. Se añadieron la creación de nuevos cargos que llevaban aparejados poder nombrar a sus subordinados como servicio a la Corona, como son los casos en 1625 del Conde-Duque de Olivares que se le nombra alguacil mayor y escribano o el nombramiento del Conde de Castrillo en 1644 como alcaide y guarda mayor de la Casa de la Contratación con privilegios similares. La plantilla, por tanto, se incrementó y se disparó en 1687 a ciento diez. Y por tanto, también se incrementaron los salarios. Tanto aumentó que pronto no alcanzaban los presupuestos y en 1690 se debían a los funcionarios 76.000.000 de maravedíes (el dúplico de lo que tenía la Corona). Los sueldos eran bajos: el de juez oficial era 40.000 maravedíes (se vendió el cargo por 45.000 maravedíes). Los cargos eran codiciados no por el sueldo sino por las oportunidades que ofrecía. Los funcionarios intervenían en negocios particulares, a través de otras personas, haciendo favores, etc. Una confirmación de esta situación la proporciona una visita en 1643 efectuada a la Casa de la Contratación y que apareció inculpado del presidente para abajo. La Casa de la Contratación había comenzado a alejarse de sus funciones, se había convertido en un servicio de los grupos comerciales de Sevilla.
A tratar de frenar eso se orientan las reformas del siglo XVIII. En 1701 se llevó a cabo una reforma que tiene como consecuencia la supresión de todos los oficios supernumerarios y deja la plantilla de la cúpula en el presidente, tres jueces oficiales, tres letrados, un fiscal, el alguacil mayor y el alcaide. La reducción del personal no conllevó otro cargo.
La segunda intervención se produce en enero de 1717 con el nombramiento de José Patiño como Intendente de la Marina y Superintendente de Sevilla, se ordenó que quede bajo su jurisdicción las funciones referidas al gobierno en el comercio indiano y se le nombró presidente de la Casa de la Contratación.
En mayo de ese año por decreto se trasladó la Casa de la Contratación a Cádiz y se ordena que sólo quede dependiente a la Institución la Sala de Justicia. Como habían demasiados funcionarios en Justicia la plantilla pasó a formarlo un presidente, tres ministros asesores, un fiscal, dos escribanos y un contador. El Presidente Intendente pasó a tener las atribuciones de gobierno. Hasta 1754 su presidente llevó aparejado el cargo de Intendente de Marina y fue en ese año cuando en virtud de una Real Orden se separaron los cargos como consecuencia de una reestructuración ministerial de unos meses antes. Quedó bajo la responsabilidad del Intendente todo lo respecto al abastecimiento de los navíos y bajo el presidente de la Casa de la Contratación la vigilancia de la carga y descarga de los mismos.
En esos años que mediaron entre los dos decretos la organización había cambiado tanto que terminó por reconstruir la Sala de Gobierno pero sin los poderes anteriores.
La Sala de Justicia sufrió la tendencia reducionista al dictarse en 1748 y 1749 que sólo se manejaran los pleitos entre navegantes y no entre cargadores o comerciantes ya que para eso estaba el Consulado.
Al transferir buena parte de las funciones a varios puertos el papel de la Casa de la Contratación se reduce a expedir licencias. En 1776 y coincidiendo con el acceso de José de Gálvez a la Secretaría del Consejo de Indias se cambia la política en respecto a la Casa de la Contratación. Se crean dos nuevas plazas de oidores y se restituye al presidente las facultades anteriores a 1760. Dos años más tarde el Reglamento de Libre Comercio asesta el golpe definitivo a la Institución, ahora sería los Juzgados de Arribadas y los Consulados los que asumirían las funciones de la Casa de la Contratación. Los Juzgados de Arribadas tenían el deber de remitir al Ministerio de Indias todos los registros de las navegaciones, tenían la facultad de entregar patentes a los capitanes, pasar revista a los pasajeros, comprobar que las embarcaciones estuvieran en disposición de viajar sin riesgo, vigilar que los navíos no fueran sobrecargados y fueran con pertrechos, fijar la cantidad a los cargadores y recibir respuesta de la aduana de que todos los navíos hayan cargado bien. Se ordena que se inste a la creación de Consulados que debían de tener funciones judiciales y la sentencia admitía las apelaciones ante el Consejo de Indias y no ante otro tribunal. Parece claro que la Casa de la Contratación se convirtió en una Institución carente de sentido y su competencia era ejercer en Cádiz como un Juzgado de Arribadas más. Por un Real Decreto del 18 de julio de 1790 se resolvió suprimir la Casa de la Contratación. De esta manera dejó de existir la Institución y se creó una comisión liquidadora encargada de buscar acomodo a su personal distribuyéndolos por otros mecanismos y repartir por otros organismos aquellas pocas funciones que estaba en su poder. Desapareció una Institución más propia del monopolio cerrado que de la libertad de comercio aunque desde 1765 la muerte de la Casa de la Contratación ya era una crónica anunciada.
Su primera sede fueron las Atarazanas de Sevilla, pero como era un lugar expuesto a las arriadas y dañino para las mercancías, pronto fue trasladada a las dependencias del Alcázar Real, donde quedó instalada, al oeste del palacio de Pedro I, en la zona denominada de los Almirantes. El Patio de la Montería del Alcázar sevillano, es el único vestigio de lo que fue la Casa de la Contratación de Sevilla. La capilla actual con el retablo de la virgen de los mareantes se construyó en 1526.