El Pabellón de la Navegación fue dedicado a las expediciones científicas y a los descubrimientos y avances en la técnica naval. En algunas de sus salas se recreaba el ambiente interior de un barco en la época de Colón, tales como la bodega o la cubierta. Constituyó uno de los pabellones más visitados de toda la Exposición Universal de 1992.
Aunque de carácter permanente, el edificio se concibió con la flexibilidad suficiente para que fuese posible su acondicionamiento posterior. Conservó gran parte de sus contenidos originales hasta 1998, desde entonces su uso se limitó a la celebración de eventos. En 2005, AGESA, la sociedad estatal encargada de la gestión posterior del patrimonio de la Exposición, trasladó sus oficinas al pabellón, propiedad del Estado.
En 2007 AGESA estableció su intención de reabrir el Pabellón de la Navegación como recinto museístico sobre la navegación atlántica. Finalmente, se inauguró el 2 de enero de 2012. El nuevo espacio museístico cuenta la evolución de la Navegación atlántica e incluye la Torre Schindler.
En ella nos encontramos maquetas de barcos como la Nao Victoria que fue la única que consiguió dar la Primera Vuelta al Mundo de Elcano y Magallanes y que partió y terminó en Sevilla. También encontramos el Galeón Carrera de Indias que representa a los grandes barcos que protegían las flotas de los siglos XVI y XVII que salían de Sevilla hacía las Indias y luego volvían también a Sevilla.
